建武九年（33年）正月，隗囂在憂憤交加中病死，部下立其次子隗純?yōu)橥�。劉秀采納來(lái)歙建議，再次發(fā)兵攻打隴西。

　　來(lái)歙、馮異諸將領(lǐng)兵沿渭水西進(jìn)，擊破西蜀援軍，進(jìn)圍落門（今甘肅武山東北）。到了次年十月，終于攻破落門，迫降隗純。歷時(shí)四年的隴西之戰(zhàn)宣告結(jié)束。

　　隴西平定后，公孫述割據(jù)的巴蜀便成為劉秀統(tǒng)一大業(yè)的最后一個(gè)障礙。劉秀再接再厲，決定對(duì)公孫述用兵。他針對(duì)公孫述東依三峽、北靠巴山、據(jù)險(xiǎn)自守的軍事部署，制定了水陸并進(jìn)、南北夾擊、鉗攻成都的作戰(zhàn)方略。派大將岑彭、大司馬吳漢率荊州諸軍由長(zhǎng)江溯江西進(jìn)，命大將來(lái)歙率隴西諸軍出天水，指向河池（今甘肅徽縣西北），相機(jī)南進(jìn)。

　　建武十一年（35年）春，岑彭軍再克夷陵，突入江關(guān)（今四川奉節(jié)）。蜀軍田戎部退出三峽，入保江州（今四川重慶）。同年六月，北路來(lái)歙軍擊敗王元諸部，占領(lǐng)河池、下辨（今甘肅成縣），乘勝南進(jìn)。在公孫述派人暗殺了來(lái)歙的情況下，北路漢軍改由馬成所指揮，繼續(xù)策應(yīng)南路主力的行動(dòng)。

　　岑彭軍進(jìn)抵江州后，見江州城堅(jiān)不宜強(qiáng)攻，遂留馮駿監(jiān)視田戎，自率主力北上，攻占平曲（今合川西北）。漢軍的進(jìn)展，極大地震動(dòng)了公孫述，他急調(diào)王元軍南下增援，集結(jié)重兵于廣漢（今四川射洪南）、資中（今四川資陽(yáng)北）一帶，保衛(wèi)成都。又命候丹率軍2萬(wàn)屯守寅石（四川江津境），阻擊漢軍，策應(yīng)王元。

　　岑彭根據(jù)敵情變化，也適時(shí)調(diào)整了部署，分兵兩路進(jìn)擊蜀軍。一路由臧宮率領(lǐng)，進(jìn)據(jù)平曲上游，攻打蜀軍王元、延岑部；主力則由他本人率領(lǐng)，取道江州，溯江西上，攻占黃石，擊敗候丹軍。接著，倍道兼行，疾馳1000公里，攻克武陽(yáng)（今四川彭山東），并出精騎閃擊蜀之腹地廣都（今成都南），逼近成都。與此同時(shí)，偏師臧宮溯涪江而進(jìn)，襲擊蜀軍，殲敵萬(wàn)余，迫使王元部投降，延岑敗逃成都。

　　公孫述困獸猶斗，又派人刺殺了岑彭，使?jié)h軍暫時(shí)退出武陽(yáng)，但這并未能挽救其覆滅的命運(yùn)。漢軍人材濟(jì)濟(jì)，岑彭遇害，吳漢即接替他統(tǒng)領(lǐng)伐蜀諸軍。建武十二年正月，吳漢進(jìn)抵南安（今四川東山），在魚腹津（今四川東山北）大敗蜀軍，繼而繞過(guò)武陽(yáng)，攻取廣都。其他各路漢軍進(jìn)展也很順利，馮駿軍攻占江州，臧宮軍連克涪縣（今四川綿陽(yáng)東）、綿竹（今四川德陽(yáng)北）、繁（今四川新都西北）、郫（今四川郫縣）等城。

　　吳漢取廣都后急于求成，率2萬(wàn)將卒孤軍深入，直抵成都城外幾公里處立營(yíng)。公孫述招募敢死之士，攻打吳漢。吳漢受挫，入壁堅(jiān)守，閉營(yíng)3日不戰(zhàn)，夜間突然撤走，與部下劉尚會(huì)合于江南。次日晨合力大破蜀軍。此后，吳漢與公孫述交兵于廣都、成都間，漢軍屢戰(zhàn)屢勝。建武十二年十一月，吳漢又與臧宮會(huì)師于成都近郊。公孫述大勢(shì)盡去，遂孤注一擲，于該月十七日貿(mào)然反擊漢軍，派延岑擊臧宮，自率數(shù)萬(wàn)人攻吳漢。吳漢以一部迎戰(zhàn)蜀軍，待其疲憊困頓后，指揮精兵數(shù)萬(wàn)突然出擊，大破蜀軍，公孫述負(fù)重傷身亡。次晨，勢(shì)窮力竭的延岑舉城投降。至此，劉秀徹底平定巴蜀，取得了統(tǒng)一戰(zhàn)爭(zhēng)的最后勝利。